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http://hdl.handle.net/2067/43436
Titolo: | RNA Editing Detection in HPC Infrastructures | Autori: | Lo Giudice, Claudio Mansi, Luigi Flati, Tiziano Gioiosa, Silvia Chillemi, Giovanni Libro, Pietro Castrignanò, Tiziana Pesole, Graziano Picardi, Ernesto |
Data pubblicazione: | 2021 | Abstract: | RNA editing by A-to-I deamination is a relevant co/posttranscriptional modification carried out by ADAR enzymes. In humans, it has pivotal cellular effects and its deregulation has been linked to a variety of human disorders including neurological and neurodegenerative diseases and cancer. Despite its biological relevance, the detection of RNA editing variants in large transcriptome sequencing experiments (RNAseq) is yet a challenging computational task. To drastically reduce computing times we have developed a novel REDItools version able to identify A-to-I events in huge amount of RNAseq data employing High Performance Computing (HPC) infrastructures.Here we show how to use REDItools v2 in HPC systems. |
URI: | http://hdl.handle.net/2067/43436 | ISBN: | 978-1-0716-1306-1 | DOI: | 10.1007/978-1-0716-1307-8_14 |
È visualizzato nelle collezioni: | B1. Contributo in volume (Capitolo o Saggio) |
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