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Title: L’identificazione di nuovi interattori di CSB rivela un suo potenziale ruolo nel metabolismo del RNA e nel rimodellamento della cromatina
Other Titles: Identification of novel proteins interacting with CBS reveals its potential role in RNA metabolism and chromatin remodeling
Authors: Nicolai, Serena
Keywords: Proteina CSB;Interattoma;Rimodellamento della cromatina;Splicing del RNA;Riparazione del DNA;Cockayne Sindrome group B protein (CSB);Interactome;Chromatin remodeling, RNA splicing;DNA repair;BIO/18
Issue Date: 8-May-2015
Publisher: Università degli studi della Tuscia - Viterbo
Series/Report no.: Tesi di dottorato di ricerca. 27. ciclo
Abstract: 
La proteina CSB, un membro della famiglia SWI/SNF di rimodellatori della cromatina
ATP-dipendenti, svolge un ruolo nella sottovia di riparazione per escissione
nucleotidica (NER) nota come riparazione associata alla trascrizione (TCR). Il gene csb
è frequentemente mutato nella sindrome di Cockayne, una malattia autosomica
recessiva annoverata tra le sindromi progeroidi umane di tipo segmentale e
caratterizzata da una mancata crescita e degenerazione di molteplici organi.
Sebbene sia stata inizialmente caratterizzata come proteina di riparazione del danno al
DNA, recenti studi hanno dimostrato che la mancanza di CSB risulta avere effetti
pleiotropici. L’identificazione di nuove proteine appartenenti all’interattoma di CSB
potrebbe essere utile per definire sue nuove funzioni molecolari, oltre quelle già note, al
fine di spiegare le basi molecolari del fenotipo Cockayne che certamente non può essere
ricondotto nella sua vastità a un difetto di riparazione del danno al DNA.
In questo studio, abbiamo utilizzato la tecnologia della Purificazione per Affinità in
Tandem (Tandem Affinity Purification, TAP) associata alla spettrometria di massa e a
studi di co-immunoprecipitazione per identificare e caratterizzare nuove proteine che
interagiscono con CSB.
Nel nostro approccio, un TAP tag è stato fuso con il cDNA di CSB e il costrutto è stato
successivamente trasfettato in cellule ospiti (CS1AN) per poi verificare il rescue
funzionale della sensibilità agli UV caratteristica delle cellule CSB. Le proteine
associate con la proteine di fusione CSB-TAP sono state poi isolate attraverso due
passaggi sequenziali di purificazione per affinità. Infine, le proteine isolate sono state
separate mediante gel di poliacrilamide SDS e analizzate mediante spettrometria di
massa. Le proteine co-purificate mediante TAP e identificate con la spettrometria di
massa sono state sottoposte a successivi esperimenti di co-immunoprecipitazione per
validarne la presenza negli eluati con CSB-TAP.
Il nostro studio ha rivelato 33 proteine per le quali non era ancora nota l’interazione con
CSB. Questi nuovi interattori suggeriscono un potenziale ruolo di CSB nel metabolismo
del RNA, nella regolazione trascrizionale e nel mantenimento della dinamicità e
dell’integrità della cromatina.
Infine, utilizzando il sistema Lac Operator / Lac Repressor abbiamo voluto studiare
alcuni effetti del reclutamento di CSB ai loci LacR. Essendo CSB una proteina con
attività ATPasica coinvolta nel rimodellamento della cromatina oltre che
nell’attivazione dell’espressione genica, abbiamo voluto verificare se il suo
reclutamento determinasse un cambiamento nello stato di acetilazione della cromatina
verificando che lo stesso effetto non fosse presente ai foci mancanti di CSB.

The CSB protein, a member of the SWI/SNF ATP dependent chromatin remodeling
family of proteins, plays a role in a sub-pathway of nucleotide excision repair (NER)
known as transcription coupled repair (TCR). CSB is frequently mutated in Cockayne
syndrome group B, a segmental progeroid human autosomal recessive disease
characterized by growth failure and degeneration of multiple organs. Though initially
classified as a DNA repair protein, recent studies have demonstrated that the loss of
CSB results in pleiotropic effects. The identification of novel proteins belonging to the
CSB interactome may be useful not only for predicting the molecular basis for diverse
pathological symptoms of CS-B patients but also for unraveling the functions of CSB in
addition to its original role in DNA repair. In this study, we performed tandem affinity
purification (TAP) technology coupled with mass spectrometry and coimmunoprecipitation
studies to identify and characterize the proteins that interact with
CSB-TAP. In our approach, a TAP tag was fused with CSB cDNA and the construct
was subsequently transfected into suitable host cells (CS1AN cells) and we demostrated
functional rescue of the UV sensitivity characteristic of CSB.
Our approach revealed 33 proteins that were not previously known to interact with CSB.
These newly identified proteins indicate potential roles for CSB in RNA metabolism,
repression and activation of transcription process and the maintenance of chromatin
dynamics and integrity. Proteins associated with CSB-TAP fusion protein were then
isolated trough two sequential affinity purification steps. Finally, the isolated proteins
were size fractionated on SDS polyacrylamide gels and analyzed by mass spectrometry.
Identified proteins were analyzed by co-immunoprecipitation to validate their copurification
with CSB-TAP.
Using the Lac Operator/Lac Repressor system we studied some effects of CSB
recruiment to LacR foci. Being CSB a chromatin remodeling as transcriptional
activator, we verified if its recruiment could determine a change in the acetylated state
of chromatin, checking that the same effect was not present at the foci lacking of CSB.
By immunofluorescence we observed that in cells expressing the LacR-CSB fusion
protein the acetylation signal accumulates in nuclear LacR foci, while it

s homogeneous
in the nucleus of cells expressing only LacR protein.
Description: 
Dottorato di ricerca in Genetica e biologia cellulare
URI: http://hdl.handle.net/2067/2856
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