Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/2067/2489
Title: Functional analysis of candidate genes for meat quality in Sus scrofa
Other Titles: Analisi funzionale di geni candidati per la qualità della carne in Sus scrofa
Authors: Bicorgna, Silvia
Keywords: SNP;Swine;Meat quality;Polimorfismi del DNA;Suini;Qualità della carne;AGR/17
Issue Date: 20-Mar-2012
Publisher: Università degli studi della Tuscia - Viterbo
Series/Report no.: Tesi di dottorato in Ecologia e gestione delle risorse biologiche 24. ciclo
Abstract: 
Recently, some studies have established a connection between Meat Quality Traits and the genetic
background of different pig breeds. This work is aimed to study 10 candidate genes affecting
quality traits and to analyze if in their promoter regions, any SNP can be responsible of
phenotypical differences in two Italian pig breeds, Casertana (CA) and Large White (LW).
In MYF5 gene, we have identified three new SNPs, two in promoter region (T149C and
C802G) and one in exon 1 (G1288C). In LW, the analysis of C802G transversion, in LD with
G1288C, showed only the C/C genotype; instead in CA all the three genotypes (C/C, C/G , G/G)
are represented. Results of in vitro analysis of C802G mutation reveals that the G/G genotype
causes a decreasing in MYF5 gene expression. Haplotype analysis shows that CA breed preserves
more variability with 5 combinations(CC, CC, CC, GG; A/C, C/T, CC, GG; CC, CC, C/G, C/G;
A/C, CC, CC, GG; CC, CC, GG, CC), than LW breed that shows only three combinations(AA, TT,
CC, GG; CC, CC, CC, GG; A/C, C/T, CC, GG). This greater variability in CA is observed also for
the MYOD1 gene study. All CA individuals are heterozygous for all the SNPs verified, instead, the
largest part of LW individuals are homozygous. As concerning the GDF8 gene, the new identified
G449A transition is always in homozygosity G/G for all the Casertana samples; instead the LW
samples are most heterozygous.
To discuss these data we must consider that GDF8 gene influences the muscle mass
development, while MYF5 and MYOD1 belong to the muscle differentiation. Probably, the great
variability of CA breed for the MYF5 and MYOD1 genes, is due to its adaptability to free ranging;
while the low variability in the GDF8 gene can be assigned to the mild exploitation of this breed for
the pork production.

Recenti studi hanno stabilito una connessione tra i Meat Quality Traits e alcuni geni di differenti
razze suine. Questo lavoro ha riguardato lo studio del promotore di 10 geni selezionati per la qualità
della carne, in particolare l’identificazione .di SNP responsabili delle differenze fenotipiche tra due
razze suine italiane, la Casertana (CA) e la Large White (LW).
In questo studio, abbiamo identificato due SNP nel promotore del gene MYF5 (T149C e
C802G) ed uno nel primo esone (G1288C). L’analisi della transversione C802G ha mostrato, nella
razza CA, tutti i genotipi C/C, C/G e G/G e nella razza LW solo il genotipo C/C. I risultati
dell’analisi in vitro hanno evidenziato una diminuzione dell’espressione genica in presenza del
genotipo G/G. L’analisi aplotipica evidenzia una maggiore variabilità genetica nella CA, con 5
combinazioni combinazioni (CC, CC, CC, GG; A/C, C/T, CC, GG; CC, CC, C/G, C/G; A/C, CC,
CC, GG; CC, CC, GG, CC) rispetto alla LW, con solo 3 combinazioni (AA, TT, CC, GG; CC, CC,
CC, GG; A/C, C/T, CC, GG). Questa variabilità genetica nella CA è stata anche osservata anche per
gli SNP identificati nel gene MYOD1. L’analisi in vitro degli SNP identificati per il gene GDF8,
invece, non mostra nessuna differenza tra le due varianti alleliche nelle due razze.
Alla luce di questi risultati è importante considerare che GDF8 determina lo sviluppo della
massa muscolare, mentre MYF5 e MYOD1 intervengono nelle prime fasi del differenziamento delle
cellule in mioblasti. La maggiore variabilità genetica di MYF5 e MYOD1 nella CA, può quindi
essere correlata con la sua adattabilità alle condizioni di allevamento estensivo, mentre la maggior
variabilità di GDF8 nella LW può essere la conseguenza della selezione per la produzione della
carne a cui questa razza è stata sottoposta.
Description: 
Dottorato di ricerca in Ecologia e gestione delle risorse biologiche
URI: http://hdl.handle.net/2067/2489
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