Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/2067/2430
Title: Use of the DNA in the study of ancient livestock populations in a location of central Italy
Other Titles: Analisi delle popolazioni di animali domestici antichi dell'Italia centrale attraverso lo studio del DNA
Authors: Gabbianelli, Federica
Keywords: Ancient DNA;Nuclear DNA;Mitochondrial DNA;Coat color genes;Sexing related genes;Phylogenesis;DNA antico;DNA nucleare;DNA mitocondriale;Geni del colore del mantello;Geni legati al sesso;Filogenesi;AGR/17
Issue Date: 10-Feb-2011
Publisher: Università degli studi della Tuscia - Viterbo
Series/Report no.: Tesi di dottorato di ricerca. 23. ciclo
Abstract: 
The study of ancient DNA (aDNA) is a recent subject in continuous
evolution. It is crucial in evolutionary and population studies and it helps the
historical investigations. aDNA is difficult to analyse because of its low recovery
rate and its strong degradation to small fragments, and also for the likely
contamination occurring during molecular work. For these reasons, stringent
standards for the authentication of ancient DNA must be applied.
The study focused on livestock remains excavated in Ferento, a site near
Viterbo (central Italy). 13 cattle remains, three Roman (~2100BP) and nine
medieval (~1000BP) bones and 15 ovine medieval bones and teeth, recovered
from five different excavations areas, were collected and analyzed. Four
extraction protocols were tested in order to identify the method giving best results
in term of yield and purity.
In bovine samples, nuclear genes were investigated i) to retrieve information
questions about phenotypic characteristics of the samples impossible to obtain
from fossil material, as in the case of three coat color genes (MC1R, TYR and
TYRP1), and ii) to help in authenticating data as well as retrieving information of
the breeding purposes, as in the case of sex related genes (TSPY, ZFX/ZFY),
analyzed to establish the sex of the individuals sometimes impossible to ascertain
by morphometric analysis.
Ovine ancient samples were compared to modern European and Middle Eastern
sheep through the amplification and sequencing of small portions of the D-loop
region.
Preliminary data suggest that Ferento sheep belong to two divergent lineages:
group A (a mixture of animals coming from the Middle East, Asia and Europe)
and group B (dominated by animals localized to Europe).
This study was useful also to distinguish sheep (Ovis aries) and goat (Capra
hircus) remains with an uncertain morphometric attribution thanks to the highly
polymorphic mitochondrial region examined.

Lo studio del DNA antico (aDNA) è una disciplina recente in continua
evoluzione. E’ fondamentale negli studi evoluzionistici e di genetica di
popolazione e fornisce un aiuto nelle indagini storiche. Il DNA antico però è
difficile da analizzare a causa del basso tasso di resa e per la forte degradazione in
piccoli frammenti, nonché per il problema della possibile contaminazione che
potrebbe avvenire durante le analisi di laboratorio. Per questi motivi devono
essere applicati rigorosi standard per l’autenticazione del DNA stesso. Il lavoro si
basa su resti di bestiame rinvenuti a Ferento, un sito archeologico presso Viterbo
(Italia centrale). Sono stati raccolti e analizzati 13 reperti ossei bovini del periodo
Romano (~2100BP) e medievale (~1000BP) e 15 reperti ossei medievali ovini
provenienti da 5 saggi diversi. Sono stati testati quattro protocolli per trovare il
metodo che desse il risultato migliore in termini di resa.
Nei reperti bovini sono stati analizzati geni nucleari con lo scopo di i) ottenere
informazioni su quesiti relativi alle caratteristiche fenotipiche dei reperti
impossibili da recuperare dal materiale fossile, come nel caso di tre geni del
colore del mantello (MC1R, TYR e TYRP1) e ii) fornire un aiuto
nell’autenticazione dei dati, ad esempio acquisire informazioni sugli scopi di
allevamento, come nel caso dei geni legati alla determinazione del sesso (TSPY,
ZFX/ZFY), analizzati per stabilire il sesso degli individui volte impossibile da
determinare in base alle analisi morfometriche.
Reperti ovini antichi sono stati messi a confronto con campioni moderni Europei e
Medio orientali tramite l’amplificazione e il sequenziamento di piccoli frammenti
della regione D-loop. Dati preliminari indicano che gli ovini di Ferento
appartengono a due diverse linee mitocondriali: l’aplogruppo A (un insieme di
animali provenienti da Medio Oriente, Asia ed Europa) e l’aplogruppo B
(dominato da animali localizzati in Europa). Questo studio è stato utile anche per
distinguere i resti di ovini (Ovis aries) e caprini (Capra hircus) dall’attribuzione
morfometrica incerta, grazie alla regione mitocondriale esaminata, altamente
polimorfica tra le due specie.
Description: 
Dottorato in Ecologia e gestione delle risorse biologiche
URI: http://hdl.handle.net/2067/2430
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