Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/2067/1970
Title: Metodi elettroforetici bidimensionali applicati allo studio di diversi sistemi membranali
Other Titles: Different methods for two-dimensional electrophoresis of membrane proteins
Authors: D'Amici, Gian Maria
Keywords: 2D IEF-SDS-PAGE;2DE;2D BN-SDS-PAGE;Elettroforesi bidimensionale;Proteomica;BIO/11
Issue Date: 4-Apr-2008
Publisher: Università degli studi della Tuscia - Viterbo
Series/Report no.: Tesi di dottorato di ricerca. 20. ciclo
Abstract: 
Il progredire delle metodiche scientifiche e delle tecnologie nelle ultime decadi, ha
catalizzato un’estensione degli scopi connessi agli studi in campo biologico
spostando l’attenzione dalle riduttive analisi biochimiche a carico delle singole
proteine ad un esame attento ed approfondito esteso all’intero proteoma. La
proteomica nasce come naturale evoluzione della chimica delle proteine che
rappresentava uno dei capisaldi nello studio della biologia durante gli anni ottanta.
L’analisi proteomica implica la necessità di separare le proteine prima della loro
caratterizzazione. Così tutta la qualità dell’intera analisi molto dipende dalle
performance dei metodi di separazione adottati. Questa lavoro di tesi nasce dal
condensamento di diverse pubblicazioni e vuole proporsi come un saggio delle
diverse metodiche di elettroforesi bidimensionale applicabili allo studio di proteine
di membrana. Utilizzando differenti tecniche elettroforetiche bidimensionali e di
rivelazione sono state affrontate due tematiche di ricerca diverse su differenti
sistemi biologici: nel capitolo 2 con una proteomica differenziale di tipo “classico”
(2D IEF-SDS-PAGE) è stata studiata le degradazione delle proteine della membrana
eritrocitaria durante la conservazione del sangue ad uso trasfusionale, nel capitolo 3
invece, prendendo come modello le proteine delle membrane fotosintetiche
tilacoidali, è stato proposto un nuovo sistema elettroforetico bidimensionale nativo,
sia in prima che in seconda dimensione (2D N-LP-IEF-SDS-PAGE), accoppiabile
con una terza dimensione denaturante.

Developments in methods and technologies have resulted in an expansion of the
purpose of biological studies from the reductionist biochemical analysis of single
proteins to proteome-wide measurements. Proteomics and other complementary
analysis methods are essential components of the emerging 'systems biology'.
Proteome analysis implies the ability to separate proteins as a first step prior the
characterization. Thus, the overall performance of the analysis strongly depends on
the performance of the separation tool, usually two dimensional electrophoresis.
This thesis gives an introduction to the proteomic technique and shows how twodimensional
electrophoresis works with membrane proteins. Different subjects and
biological systems were investigated using different separative two-dimensional
electrophoresis techniques. In chapter one, two-dimensional gel electrophoresis (2D
IEF-SDS-PAGE) and mass spectrometry were used to identify protein profile
changes in red blood cell membranes stored over time under atmospheric oxygen, in
the presence or absence of protease inhibitors. In chapter two, a new 3D native
electrophoretic protocol is proposed for an exhaustive separation and identification
of membrane proteins. This method is based on native liquid phase
isoelectrofocusing (N-LP-IEF) of protein complexes in the first dimension, followed
by blue native polyacrylamide gel electrophoresis (BN-PAGE) in the second
dimension, where both the pI and the molecular masses of protein complexes (2D
N-LP-IEF-BN) were used to separate them in their native form.
Description: 
Dottorato di ricerca in Genetica e biologia cellulare
URI: http://hdl.handle.net/2067/1970
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