Assembly of Robust Transcriptomic Resources for RNA-Seq Data Analysis in Non-Model Organisms: Applications to Ecologically Significant Species
Author(s)
Libro, Pietro
Date Issued
July 29, 2024
Type
Doctoral Thesis
Abstract
In genomics, RNA sequencing (RNA-seq) has revolutionized the analysis of gene expression. Although commonly used in model organisms, a huge amount of RNA-seq data is produced from non-model species that provide unique genetic information useful for biodiversity conservation. The development of robust bioinformatics tools for RNA-seq analysis of non-model organisms is critical to the study of genomic diversity. Non-model organisms lack well-annotated genomes and require specialized bioinformatic tools for accurate analysis. These tools must adapt to the study of different species and satisfy different research objectives (e.g. evolutionary behavioral studies). The de novo transcriptomic resources developed in this thesis work constitute a knowledge base of the proxy catalog of protein coding genes for the analyzed species. The same resources can serve as a reference for further studies on genes differentially expressed in different experimental conditions. This research project promises to reveal genetic secrets, illuminate molecular interactions, and enrich our understanding of the diversity of life.
Nella genomica, il sequenziamento dell'RNA (RNA-seq) ha rivoluzionato l'analisi dell'espressione genica. Sebbene comunemente utilizzati negli organismi modello, un’enorme quantità di dati RNA-seq viene prodotta da specie non modello che forniscono informazioni genetiche uniche utili per la conservazione della biodiversità. Lo sviluppo di robusti strumenti bioinformatici per l'analisi RNA-seq di organismi non modello è fondamentale per lo studio della diversità genomica. Gli organismi non modello mancano di genomi ben annotati e richiedono strumenti bioinformatici specializzati per un'analisi accurata. Questi strumenti devono adattarsi allo studio di specie diverse e soddisfare diversi obiettivi di ricerca (ad esempio studi comportamentali evolutivi). Le risorse trascrittomiche de novo sviluppate in questo lavoro di tesi costituiscono una base di conoscenza del catalogo proxy dei geni codificanti proteine per le specie analizzate. Le stesse risorse possono servire come riferimento per ulteriori studi su geni differenzialmente espressi in diverse condizioni sperimentali. Questo progetto di ricerca promette di rivelare segreti genetici, illuminare le interazioni molecolari e arricchire la nostra comprensione della diversità della vita.
Additional information
Dottorato in Ecologia e Gestione Sostenibile delle Risorse Ambientali
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