http://hdl.handle.net/2067/14 2013-05-25T22:00:44Z http://hdl.handle.net/2067/2130 Title: Interazioni tra acque sotterranee e superficiali e problematiche connesse con la determinazione del deflusso minimo vitale: i casi dei fiumi Marta e Mignone (Lazio) Authors: Baiocchi, Antonella Abstract: Il presente lavoro riguarda lo studio dei rapporti tra acque sotterranee e acque superficiali di due corsi d’acqua significativi della rete idrografica minore dell’alto Lazio ed è finalizzato a verificare le problematiche connesse con la determinazione del deflusso minimo vitale in alcune sezioni d’alveo. I bacini idrografici considerati sono quelli del fiume Marta, emissario del lago di Bolsena, e del fiume Mignone. Entrambi ricadono nella regione vulcanica laziale, caratterizzata dall’attività dei Distretti Vulsino, Sabatino, Cimino e Vicano. La scelta dei bacini è legata all’impatto antropico esercitato, rappresentato dallo sfruttamento delle acque superficiali a scopi idroelettrici, industriali, civili ed agricoli, che li rende dei casi rappresentativi per tentare la stima della portata minima vitale. L’importanza di salvaguardare il corpo idrico attraverso una portata minima vitale rientra nella più ampia tematica della gestione sostenibile delle risorse idriche. Sono stati scelti, tra i metodi presenti in letteratura per il calcolo del deflusso minimo vitale, quelli più adatti ai bacini studiati, considerando la realtà idrogeologica e i dati a disposizione. Di conseguenza il lavoro è stato incentrato sulla raccolta dei dati di portata storica, completati da nuove campagne di misura della portata, l’elaborazione dei dati meteorologici al fine della definizione del bilancio idrologico, il censimento dei pozzi e delle sorgenti allo scopo di ricostruire lo schema di circolazione idrica sotterranea. Inoltre è stato definito, su base bibliografica, lo stato di qualità delle acque superficiali, attraverso l’uso di diversi indici specifici, relazionando la variabilità temporale e spaziale delle classi di qualità lungo i corsi d’acqua al regime della portata. Per il fiume Marta è risultato che il deflusso superficiale è sostenuto, oltre che dagli efflussi dal Lago di Bolsena e dal ruscellamento, dalle acque sotterranee, essendo il corso d’acqua il recapito preferenziale della falda di base dell’acquifero vulcanico. La qualità ecologica delle acque superficiali si presenta compromessa nei tratti più antropizzati e migliora dove gli incrementi di portata in alveo sono più consistenti. Lo schema di circolazione idrica del fiume Mignone è risultato influenzato fortemente dall’assetto geologico-strutturale, essendo le formazioni poco permeabili prevalenti nel bacino esaminato. Lo stato qualitativo delle acque superficiali risulta buono e gli unici tratti compromessi sono legati a problematiche locali. La valutazione del deflusso minimo vitale, condotta con riferimento ad alcune sezioni d’alveo interessate da derivazioni, ha dato risultati differenti per la stessa sezione applicando più metodi basati sulla portata naturale del corso d’acqua e considerando le precedenti valutazioni. L’applicazione ha evidenziato che la determinazione del deflusso minimo vitale dovrebbe tener conto, non solo della dinamica dall’asta fluviale, ma anche dell’intero sistema al quale il fiume. In particolare non è da sottovalutare il ruolo essenziale delle acque sotterranee e, quindi, la necessità di definire i rapporti tra il fiume e la falda, ponendo l’attenzione non solo sul bacino idrografico ma anche su quello idrogeologico. In quest’ottica, lo sfruttamento della risorsa idrica andrebbe pianificato sulla base del bilancio idrologico “naturale” del bacino ed il quantitativo e l’ubicazione dei prelievi dall’acquifero.; The research has been focused on the interactions between groundwater and surface water of two highly representative streams of the minor hydrographic net of Northern Lazio Region (Italy), with the aim to evaluate the main issues linked to the determination of the instream flow for fish life. The areas analysed are the drainage basins of the Marta River, outlet of the Bolsena Lake, and the Mignone River. Both of them are located in the Lazio volcanic region, characterised by the Vulsino, Sabatino, Cimino and Vico volcanic activities. They have been chosen as representative cases for trying to estimate the instream flow due to human impacts, showed by the exploiting of surface water for hydroelectric, industrial, civil and agricultural uses. The safeguard of the rivers concerned resulted as a fundamental tool in the sustainable management of the water resources. Taking into account both the main methods proposed by the previous literature, and the particular hydro-geological features and available data, the most suitable methods has been chosen. As a consequence, the research implied: i) collection of historical instream flow data, completed by further updated measurements; ii) analyses of historical climatic data for the estimation of the water budget; iii) definition of the hydrogeological outline through data collection of wells and springs. Moreover, through several biological indices reported in literature, the quality status of the surface water has been addressed. Finally, it has been underlined the linkages between the streams flow and the temporal and spatial variability of the surface water quality. Concerning the Marta River, the results highlight that the stream flow is heavily influenced by the Bolsena Lake level in the high river course and by groundwater recharge in the other parts of the hydrograph net. The ecological quality of the surface water emerges as compromised in the heavily human parts, while it improves where the stream is gaining. Conversely, hydrogeological outline of the Mignone River resulted highly influenced by the structural-geological framework of the area, because of its low-permeable formations. As a consequence, the quality of the surface water can be considered quite good, except for few parts affected by local problems. In conclusion, the evaluation of the instream flow has produced various results concerning the same river section by applying different methods. Consequently, the estimation of the instream flow should take into account not only the dynamic of the river, but also the entire processes of the hydrogeological basin. In particular, the essential role of the groundwaters and, thus, the necessity to define the relationships between the river and groundwater, considering both the hydrographic basin and hydrogeological basin, should not be underestimated. In these regards, the exploitation of the surface water resource should be planned considering the pre-development water budget and the quantity and the location of the withdrawals from the aquifer on the basis of the river hydrogeological framework. Description: Dottorato di ricerca in Ecologia e gestione delle risorse biologiche 2006-12-31T23:00:00Z http://hdl.handle.net/2067/2060 Title: Campo idrodinamico nella Salina di Tarquinia a supporto di studi ecologici e di soluzioni operative: applicazione di un modello numerico ad elementi finiti Authors: Di Maio, Antonia Abstract: La Salina di Tarquinia è un ambiente paralico sottoposto a vincolo di tutela ambientale fin dal 1980, è designata come Sito di Interesse Comunitario (SIC) e come Zona a Protezione Speciale (ZPS). Negli anni pertanto le finalità della gestione di tale ambiente sono cambiate: dal punto di vista dell’ambiente acquatico si è andata determinando l’esigenza opposta a quella perseguita per la produzione del sale, ovvero si è cercato di regimare il flusso idraulico all’interno delle vasche in modo da mantenerne costante la salinità, allo scopo di salvaguardare gli ecosistemi che si sono venuti a creare. Tale attività è stata delegata a lungo all’esperienza dei “salinari”, cioè a coloro che hanno maturato negli anni un’approfondita conoscenza del sistema; tale esperienza rappresenta una significativa e importante eredità culturale ma è anche esempio di una gestione dell’ambiente eccessivamente personalistica, che dovrà essere supportata, sempre più negli anni a venire, da strumenti oggettivi e possibilmente standardizzati. In linea di principio la comprensione e l’analisi dei flussi di acqua all’interno o lungo gli ambienti paralici in generale, e nella Salina di Tarquinia in particolare, è l’elemento che si presenta come strumento utile per lo studio dell’andamento e dell’evoluzione dei parametri ecosistemici principali; è attraverso i flussi di acqua, infatti, che avviene il ricambio di energia e materia, responsabili della modulazione degli ecosistemi. Il presente lavoro di tesi vuole dare un contributo sia alla verifica dell’applicabilità di un modello idrodinamico ad un’ambiente estremo sia alla comprensione della relazione esistente tra il comparto idrodinamico e confinamento; quest’ultimo parametro è importante dal punto di vista ecologico in quanto responsabile dell’organizzazione delle comunità all’interno delle lagune, e la possibilità di modellarlo matematicamente getta le basi per l’individuazione di un possibile strumento standard di gestione dell’ecosistema della Salina di Tarquinia, applicabile a tutti gli ambienti paralici non interessati da escursioni di marea. Tale strumento è di tipo previsionale, ovvero si basa sulla previsione del flusso che si viene a creare nell’ambiente studiato in risposta alle forzanti meteorologiche. Questo approccio è fortemente innovativo per un duplice motivo: il primo è quello dell’uso di un modello idrodinamico in un ambiente estremo come quello oggetto del presente studio; il secondo è quello del calcolo del confinamento considerando non indici biologici ma indici fisici, ovvero il campo idrodinamico.; The Tarquinia Salt pan is a protected paralic environment since 1980; in particular it is designated as Site of Community Interest (SIC area) and as Special Protection Zone (ZPS area). The finalities of the management of the aquatic environment in the Tarquinia salt pan therefore are changed throughout the years: in the past it was important to obtain an high salinity in the basin and the subsequent deposition of the salt; to the contrary actually, in order to preserve the ecological value of the salt pan, it is necessary to maintain in the basin a constant and not excessively high salinity value. For a long time the management of the Tarquinia salt pan has been guaranteed by technicians who have deepened their knowledge of the system; such experience represents a meaningful and important cultural inheritance but actually it is not sufficient and had to be supported, more and more throughout the years to come, with objective and possibly standardized instruments. In general it is important to understand and to analyze the water circulation, that distributes energy and matter inside the basin and then it has a fundamental effect on the ecosystems conservation. The objectives of the present work are either to test the applicability of a hydrodynamic model to an extreme environment and to study the relationship between hydrodynamic and confinement that is a very important ecological parameter because it is correlated to communities organization. A mathematical model able to describe the confinement according to hydrodynamic circulation can be an useful standard instrument to manage not only the Tarquinia salt pan but also all the paralic environment. This is a strongly innovative approach either because in the past mathematical models have not been utilized to simulate the slow circulation of salt pan and because till now the confinement has been calculated just by means of biological indexes. Really, other researchers have utilized numerical models to study the lagoons circulation but the physical characteristics of the environment were not extreme as the salt pan ones; this means that the value of the hydrodynamic field was not excessively low and however it was more easily reproducible with mathematical models. About the calculation of the confinement using the hydrodynamic field, the first approach dates from 2006 (Frenod and Goubert) but the model proposed by them is too theoretical and it is not applicable to Tarquinia salt pan, even if it gives important directions for future developments. In brief therefore the desidered objective of this work is to propose a new methodology to study paralic environments, with particular attention to the confinement; the results show that the direction is right but they open a new research field actually unknown. Description: Dottorato di ricerca in Ecologia e gestione delle risorse biologiche 2008-03-06T23:00:00Z http://hdl.handle.net/2067/2059 Title: Valorizzazione dei prodotti ortofrutticoli tradizionali: effetti dell’efficacia antiossidante su modelli in vitro, ex vivo ed in vivo Authors: Venneria, Eugenia Abstract: La biodiversità agricola sta diminuendo nei Paesi Europei portando ad una potenziale perdita di diversità nutrizionale e probabilmente di qualità nutrizionale della dieta. Studi su bilancio dietetico e salute indicano che una maggiore diversità alimentare potrebbe essere associata ad una ridotta incidenza e mortalità per malattie degenerative (cancro e malattie cardiovascolari). In un’ottica generale, questa ricerca è stata finalizzata alla valorizzazione dell’eccellenza italiana nel settore agro-alimentare. Lo studio ha avuto come obiettivo quello di valutare le qualità nutrizionali e salutistiche di prodotti locali di origine vegetale ottenuti in aree geografiche scelte. Uno dei prodotti tipici italiani particolarmente interessante da un punto di vista nutrizionale è il carciofo (Cynara Scolimus L.). Secondo una stima della FAO, l’Italia ne è il primo produttore al mondo: si calcola che circa il 50% di tutta la produzione mondiale di carciofo provenga dall’Italia, in particolare dal Lazio, dalla Toscana, Sicilia, Sardegna e Puglia. Il carciofo possiede numerosi pregi nutrizionali essendo ricco di acqua (91% di parte edibile) e di sali minerali, ma anche di vitamine, carotenoidi (luteina) e polifenoli (acidi idrossicinnamici e flavonoidi). Gli estratti da carciofo sono utilizzati fin dal 4º secolo a. C. come rimedio officinale epatoprotettivo. Le proprietà terapeutiche sembrano essere, tra le altre, quella aperitiva, colagoga-coleretica, diuretica, epatoprotettiva, ipocolesterolizzante, ipoglicemizzante e lassativa. Una delle ipotesi attualmente in studio è che le suddette proprietà siano, almeno in parte, ascrivibili ai costituenti polifenolici del carciofo, in particolare a quelli più rappresentativi in termini di contenuto, ovvero agli acidi idrossicinnamici ed alle loro proprietà antiossidanti. Da qui è nato l’interesse scientifico per la valorizzazione di questo prodotto così poco commercializzato e studiato. Quindi, questa ricerca si è sviluppata dall’esigenza di incrementare il suo consumo proprio per le sue numerose potenzialità nei confronti della salute del consumatore. La ricerca è stata articolata su tre livelli: in vivo, in vitro ed ex vivo. In primo luogo è stato analizzato il contenuto di molecole bioattive e la capacità antiossidante totale (in vitro) nel carciofo proveniente da differenti aree di produzione in modo da selezionare il prodotto con più alto contenuto in antiossidanti naturali, maggiormente consumato in Italia. Tra gli alimenti studiati, è stato selezionato l’alimento con le proprietà antiossidanti migliori, la cv Violetto di Provenza, con la quale è stato effettuato uno studio in acuto sull’uomo (in vivo) mediante supplementazione su soggetti sani ed una studio ex vivo su linee cellulari normali e trasformate . E’ stata verificata così in vivo sia la biodisponibilità di acido clorogenico da carciofo sia il potenziale antiossidante del carciofo mostrando, per la prima volta, la via di assorbimento degli acidi idrossicinnamici a seguito del consumo della porzione edibile di capolino di carciofo in soggetti umani. Successivamente, la ricerca ha previsto la valutazione dell’effetto antiossidante ex vivo su linee cellulari normali e tumorali in coltura degli estratti del prodotto selezionato durante la fase iniziale della ricerca ed un ulteriore studio di approfondimento in vitro sulle proprietà antiossidanti dell’estratto selezionato. E’ stato possibile dimostrare come l’estratto della parte edibile di carciofo abbia un pronunciato effetto antiossidante ed attività apoptotica che potrebbero essere d’interesse clinico rispetto sia ad una possibile attività di prevenzione associata al consumo di carciofo che ad un possibile utilizzo terapeutico.; The biodiversity is declining in European countries leading to a potential loss of nutritional diversity and probably nutritional quality of diet. Studies on the balance between diet and health indicate that a greater nutritional diversity may be associated with a reduced incidence and mortality for degenerative diseases (cancer and cardiovascular disease). From a general point of view, this research was focused on the valorization of Italian excellence in the food-agronomic system. The study was intended to evaluate the health and nutritional quality of local vegetable products obtained in selected geographic areas. One of the typical Italian products of a particular nutritional interest is the artichoke (Cynara Scolimus L.). According to FAO estimates, Italy is the first producer in the world: it is estimated that approximately 50% of world production of artichokes comes from Italy, in particular from Lazio, Tuscany, Sicily, Sardinia and Puglia. The artichoke has many nutritional advantages: it is rich of water (91% edible part) and minerals, but also of vitamins, carotenoids (lutein) and polyphenols (hydroxycinnamic acids and flavonoids). The artichoke extracts have been widely used in herbal medicine as choleretic since ancient time. The extracts from artichoke leaves have been used in folk medicine against liver complaints and such extracts or several constituents thereof have been claimed to exert a hepatoprotective effect and to improve liver generation after partial hepatectomy. At least some of these effects are due to the antioxidant properties of artichoke polyphenols that are mainly flavonoids and hydroxycinnamic acids. This research has been developed to increase the artichoke consumption because of its numerous potential benefits for the consumer health. The research followed a multilevel approach: in vivo, in vitro and ex vivo. The first step was to analyse in vitro the contents of bioactive molecules and the total antioxidant capacity in artichokes from different production areas in order to select the product with the highest content in natural antioxidants, mostly consumed in Italy. The cv Violetto di Provenza, was selected for the highest contents of chlorogenic acids and subsequently used fo the iv vivo and ex vivo studies. The aim of the in vivo approach was to evaluate the absorption and metabolism of bioactive molecules after oral consumption of artichoke. Our study confirms the bioavailability of metabolites of hydroxycinnamic acids after ingestion of cooked edible artichoke, showing, for the first time, the route of absorption of hydroxycinnamic acids following the consumption in human subjects. Subsequently, cultured rat hepatocytes were used, ex vivo, to evaluate the antioxidant properties of artichoke extracts and human hepatoma HepG2 cells were used to investigate the activity of the same extracts on cancer cells in term of apoptotic properties. I addition, was conducted a study, using an in vitro model, on the antioxidant properties of the selected extract. Our findings indicate that artichoke extracts had a marked antioxidative potential that protects hepatocytes from an oxidative stress and, furthermore, reduced cell viability and had an apoptotic activity on a human liver cancer cell line. All these findings could be of clinical interest if compared to a possible prevention activities associated with the artichoke consumption. Description: Dottorato di ricerca in Ortoflorofrutticoltura 2008-04-21T22:00:00Z http://hdl.handle.net/2067/2058 Title: Non-invasive diet analysis based on DNA Barcoding: the Himalayan Brown Bears (Ursus arctos isabellinus) as a case study Authors: Valentini, Alice Abstract: The study of food webs and their dynamics is fundamental to understand how the feeding habits of the different species can affect the community, thus improving our understanding of the functioning of the ecosystem as a whole. Furthermore, the study of feeding ecology becomes crucial when it concerns endangered species since a precise knowledge of their diet is to be gathered when designing reliable conservation strategies. A wide range of methodologies have been proposed for diet analysis, including simple ones, as visual observation of foraging behavior, and more complex ones such as Near Infrared Reflectance Spectroscopy and DNA based methods. DNA barcoding, i.e. species identification using a standardized DNA region or markers, has recently received much attention and is being further developed through an international initiative called "Consortium for the Barcode of Life". When using DNA barcoding for diet analysis, the choice of the markers is crucial. The ideal DNA barcoding marker should meet several criteria. It should be variable among species, standardized, with enough phylogenetic information, extremely robust, and short enough to allow amplification of degraded DNA. In this study we propose the trnL (UAA) intron as marker for plant DNA barcoding. The power and the limitations of this system were evaluated as well as the possibility of species identification with highly degraded DNA. The main limitation of this system is its relatively low resolution in discriminating closely related species. Despite the relatively low resolution, it has many advantages: the primers are highly conserved, the amplification system is very robust and it is able to work with much degraded DNA samples. This system has been coupled with massively parallel pyrosequencing technique. We demonstrate the efficiency of this new approach by analyzing the diet of various herbivorous species. The whole chloroplast trnL (UAA) intron (254–767 bp) and a shorter fragment of this intron (the P6 loop, 10–143 bp) were used in this study. For the whole trnL intron 67.3% of the species retrieved from GenBank were unambiguously identified and 19.5% for the P6 loop. The resolution is much higher after calibration of specific contexts using species originating from the same ecosystem. Furthermore, the trnL approach was coupled with individual and sex identification using microsatellites polymorphism in the Himalayan brown bear (Ursus arctos isabellinus). Among world brown bears populations; those in Asia are the most ii endangered and least studied. Here, populations have declined by more than half in the past century owing to habitat loss and fragmentation and human activity. Presently in Pakistan brown bear occur sparsely in seven small populations, with the largest isolate in the Deosai National Park. We examined this population using a combination of fecal DNA analysis and field data for which geographical location and date of sampling were available, with the aim to study individual and sexual differentiation in the diet, and also temporal and geographical variations. Twenty-eight individuals (16 male, 10 females and 2 unknown sex) were identified in this study with microsatellites markers. Only eight plant species were found represented in more than 50% of individual feces. Temporal differences were found with more energetic food detected before the hibernation periods.; Lo studio delle reti trofiche e della loro dinamica è fondamentale per comprendere come le abitudini alimentari delle diverse specie possono incidere sulla comunità, migliorando in tal modo la nostra comprensione sul funzionamento dell'ecosistema nel suo complesso. Inoltre, lo studio dell’ecologia dell’alimentazione diventa cruciale quando si tratta di specie in via d’estinzione, nelle quali una precisa conoscenza della loro dieta deve essere acquisita per definire una strategia di conservazione di successo. Una vasta gamma di metodi é stata proposta per l’analisi della dieta, che vanno da quelli più semplici, come osservazione visiva dell’animale durante il pasto, a quelli più complessi, come la Near Infrared Reflectance Spectroscopy e i metodi basati sul DNA. Il DNA barcoding, cioè l’identificazione di attraverso una regione standardizzata di DNA o attraverso marcatori, ha recentemente ricevuto molta attenzione e si è ulteriormente sviluppato attraverso un'iniziativa del consorzio internazionale denominato "Consortium for Barcoding of Life". Quando si usa il DNA barcoding per l'analisi della dieta, la scelta dei marcatori è cruciale. Il marcatore ideale per il DNA barcoding deve soddisfare diversi criteri. Deve essere variabile tra specie, standardizzato, avente una sufficiente informazione filogenetica, molto robusto, e abbastanza corto da consentire l'amplificazione di DNA degradato. In questo studio si propone l'introne trnL (UAA) come marcatore per il DNA barcoding delle piante. I vantaggi e gli svantaggi di questo sistema sono stati valutati come pure la possibilità di identificare di specie da DNA molto degradato. Il limite principale di questo sistema è la sua relativamente bassa risoluzione in discriminare specie filogeneticamente molto simili. Nonostante la relativa bassa risoluzione, il sistema ha molti vantaggi: i primers sono molto conservati, il sistema di amplificazione è molto robusto ed è in grado di funzionare con campioni di DNA molto degradati. Questo sistema è stato accoppiato con la tecnica di pirosequenziamento parallelo. Abbiamo dimostrato l'efficacia di questo nuovo approccio analizzando la dieta di varie specie d’erbivori. L'intero introne trnL (UAA) del cloroplasto (254-767 pb) e un breve frammento di questo introne (il P6 loop, 10-143 pb) sono stati utilizzati in questo studio. Per l'intero introne trnL, il 67,3% delle specie, recuperate da GenBank, sono statie indentificate in modo inequivocabile e 19,5% per il P6 loop. La risoluzione è molto più elevata dopo la calibrazione in contesti specifici utilizzando specie originarie dello stesso ecosistema. vi Inoltre, il trnL approach è stato condotto in parallelo con identificazione degli individui e del sesso dell’animale tramite microsatelliti nell’orso bruno imalaiano (Ursus arctos isabellinus). Tra le popolazioni d’orso bruno al mondo, quelle in Asia sono le più minacciate e meno studiate. Qui, le popolazioni sono diminuite di oltre la metà nel secolo passato, a causa della frammentazione, la perdita di habitat e le attività umane. Attualmente in Pakistan, l’orso bruno è presente in sette piccole popolazioni isolate, con la più grande nel Parco Nazionale del Deosai. Abbiamo esaminato questa popolazione utilizzando una combinazione d’analisi di DNA da feci e di dati di campo per i quali la localizzazione geografica e la data di campionamento erano disponibili, con l'obiettivo di studiare differenze nella dieta a livello individuale tra i due sessi, e anche variazioni geografiche e temporali. Ventotto individui (16 maschi, 10 femmine e 2 di sesso sconosciuto) sono stati identificati in questo studio con i marcatori microsatelliti. Solo otto specie di piante sono state trovate rappresentate per oltre il 50% degli individui. Differenze temporali sono state riscontrate, con un consumo di cibo più energtico prima del periodo del letargo.; L'étude des réseaux trophiques et leur dynamique est fondamentale pour comprendre comment les habitudes alimentaires des différentes espèces peuvent influencer la communauté, afin d'améliorer notre compréhension du fonctionnement de l'écosystème dans son ensemble. En outre, l'étude de l'écologie alimentaire devient cruciale lorsqu'il s'agit des espèces en voie de disparition, une connaissance précise de leur alimentation doit être acquise lors de la conception des stratégies de conservation. Un large éventail de méthodes a été proposé pour l’analyse du régime alimentaire, y compris les plus simples, comme l'observation visuelle du comportement d’alimentation, et les plus complexes, comme la spectrométrie dans le proche infrarouge et les méthodes basées sur l'ADN. "DNA barcoding" (Code barre d’ADN), c'est-à-dire l'identification des espèces en utilisant une région standardisée d'ADN ou des marqueurs standardisés, a récemment reçu beaucoup d'attention et est actuellement développé grâce à une initiative internationale appelée "Consortium for The Barcoding of Life". Lors de l'utilisation du "DNA barcoding" pour le régime alimentaire, le choix des marqueurs est crucial. Le marqueur idéal pour le "DNA barcoding" doit satisfaire plusieurs critères. Il doit être variable entre les espèces, standardisé, avec suffisamment d'informations phylogénétiques, très robuste, et suffisamment court pour permettre l'amplification de l’ADN dégradé. Dans cette étude, nous proposons l’intron trnL (UAA) en tant que marqueur pour le "DNA barcoding" des plantes. Le pouvoir et les limites de ce système ont été évalués, ainsi que la possibilité d'identification des espèces avec de l'ADN fortement dégradé. La principale limitation de ce système est la relative faible résolution de discrimination des espèces très proches. En dépit de la résolution relativement faible, elle présente de nombreux avantages: les amorces sont hautement conservées, le système d'amplification est très robuste et il est capable de travailler avec des échantillons d'ADN très dégradés. Ce système a été couplé avec la technique du pyroséquençage. Nous avons démontré l'efficacité de cette nouvelle approche par l'analyse de l'alimentation de différentes espèces herbivores. L'ensemble des introns chloroplastique trnL (UAA) (254-767 pb) et d'un court fragment de cet intron (P6 boucle, 10-143 pb) ont été utilisés dans cette étude. Pour l'ensemble de l’intron trnL, 67,3% des espèces récupérées à partir de GenBank ont été identifiées sans ambiguïté et 19,5% pour la P6 boucle. La résolution iv est beaucoup plus élevée après calibration sur des contextes spécifiques en utilisant des espèces originaires d'un même écosystème. En outre, l’approche par le trnL a été associée à l'identification individuelle et le sexe en utilisant le polymorphisme de microsatellites dans l’ours brun himalayen (Ursus arctos isabellinus). Parmi les populations mondiales d'ours bruns, celles d’Asie sont les plus menacées et les moins étudiées. Ici, les populations ont diminué de plus de moitié au cours du siècle dernier en raison de la perte d'habitats, de sa fragmentation et de l'activité humaine. Actuellement, au Pakistan l'ours brun existe dans sept petites populations isolées, dont la plus grande est située dans le Parc National du Deosai. Nous avons examiné cette population au moyen d'une combinaison de l'analyse d'ADN des fèces et de données de terrain pour lesquelles les coordonnées géographiques et la date de prélèvement étaient disponibles, pour étudier la différenciation sexuelle et individuelle du régime alimentaire, ainsi que les variations temporelles et géographiques. Vingt-huit individus (16 mâles, 10 femelles et 2 de sexe inconnu), ont été identifiés dans cette étude avec les marqueurs microsatellites. Seulement huit espèces de plantes ont été trouvées représentées dans plus de 50% des fèces des individus. Des différences temporelles ont été trouvées, avec une alimentation plus énergétique avant la période d'hibernation. Description: Dottorato di ricerca in Ecologia e gestione delle risorse biologiche 2008-03-06T23:00:00Z